Zmiany w postępowaniach i kontrolach skarbowych. Czy ustawodawca poszedł na rękę podatnikom?

19 grudnia 2025 | Aktualności, Tax Focus, The Right Focus, Wiedza

W ostatnim czasie szczegółowo omówiliśmy aktualny status planowanych oraz wdrażanych zmian podatkowych. Zarówno tych, które już obowiązują, regulacji zaplanowanych na najbliższe miesiące oraz rozwiązań, których wejście w życie zostało odroczone.

Tym razem koncentrujemy się na zmianach dotyczących postępowań i kontroli skarbowych, które już weszły w życie i budzą zainteresowanie wszystkich, zarówno samych podatników, jak i praktyków. Przedstawiamy ich kluczowe założenia, potencjalne konsekwencje oraz praktyczne aspekty stosowania.

Złożenie deklaracji na różnych etapach kontroli celno-skarbowej – istotna zmiana na korzyść podatników

Jedną z najważniejszych nowelizacji ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) jest rozszerzenie uprawnień podatnika w zakresie możliwości składania deklaracji na różnych etapach kontroli celno-skarbowej.

Nowe regulacje przełamują dotychczasową zasadę „braku deklaracji w kontroli” i wprowadzają mechanizm, który pozwala podatnikowi aktywnie reagować na ustalenia organu.

Deklaracja już w trakcie kontroli

Zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, w zakresie kontroli celno-skarbowej prawa podatkowego kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do złożenia deklaracji […] w zakresie objętym kontrolą w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli.

Oznacza to, że podatnik nie musi już biernie oczekiwać na zakończenie takiej kontroli i sformalizowanie jej ustaleń, lecz, już na jej wczesnym etapie, może aktywnie reagować, np. składając deklarację w zakresie objętym kontrolą. Pozwala to na samodzielne uporządkowanie rozliczeń podatkowych i potencjalne ograniczenie dalszych negatywnych konsekwencji finansowych.

Deklaracja po otrzymaniu wyniku kontroli

Co ważne, możliwość korekty nie kończy się wraz z zakończeniem czynności kontrolnych.

Art. 82 ust. 2 ustawy o KAS przewiduje, że wynik kontroli powinien zawierać pouczenie o prawie złożenia deklaracji, jeżeli kontrolowany zgadza się w całości albo w części z ustalonymi nieprawidłowościami.

Ponadto (na podstawie art. 82 ust. 3) kontrolowany ma 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli na złożenie deklaracji w zakresie, w jakim akceptuje ustalenia organu.

W praktyce oznacza to dodatkowe „okienko czasowe” na ograniczenie negatywnych konsekwencji finansowych kontroli, a tym samym złożenie deklaracji.

Niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego – zmiana z zastrzeżeniami

Kolejną istotną zmianą, obowiązującą od 4 listopada 2025 r., jest wprowadzenie do Ordynacji podatkowej zasady rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości, co do stanu faktycznego na korzyść strony.

Zgodnie z nowym art. 122 § 2 Ordynacji podatkowej, w postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu takie wątpliwości, co do stanu faktycznego powinny być rozstrzygane na korzyść podatnika. Ta zmiana oceniana jest na plus i była długo postulowana przez praktyków.

Jednocześnie jednak ustawodawca wprowadził istotne wyłączenia, które w praktyce mogą znacząco ograniczyć możliwość powoływania się na ten przepis. Zasada ta nie znajdzie zastosowania, jeżeli:

  • W postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób
  • Przepisy wymagają od strony wykazania określonych faktów
  • Sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa

Szczególne zastrzeżenia budzi trzecie wyłączenie dotyczące ważnego interesu publicznego. Sformułowanie to ma bowiem bardzo szeroki charakter i pozostawia organom podatkowym znaczną swobodę interpretacyjną. Może to prowadzić do licznych wyłączeń stosowania tej zasady w praktyce, co de facto ograniczy jej rzeczywiste zastosowanie.

Warto podkreślić, że powyższa zmiana ma zastosowanie do postępowań wszczętych i niezakończonych przed wejściem zmian.

Zmiany w postępowaniach podatkowych to wzmocnienie podatników

Wszystkie te zmiany należy ocenić jako krok w kierunku wzmocnienia pozycji podatników, zwłaszcza w toku kontroli celno-skarbowych oraz postępowań podatkowych. W praktyce jednak skuteczność nowych regulacji będzie zależeć od sposobu ich stosowania przez organy podatkowe.

Z tego względu podatnicy powinni uwzględnić nowe przepisy w strategii obrony podczas kontroli, wykorzystując dostępne instrumenty w sposób maksymalnie efektywny. Tylko świadome korzystanie z nowych uprawnień pozwoli w pełni wykorzystać potencjał wprowadzonych zmian.

Masz pytania? Skontaktuj się z nami

Najnowsza Wiedza

Ustawa frankowa 2026. Kierunek zmian i ich znaczenie dla stron sporów

Projekt ustawy z 29 maja 2026 r. dotyczący kredytów frankowych może istotnie zmienić sposób prowadzenia sporów pomiędzy kredytobiorcami a bankami. Choć na obecnym etapie pozostaje jedynie propozycją legislacyjną, już teraz budzi duże zainteresowanie – zarówno ze względu na skalę potencjalnych skutków, jak i kierunek proponowanych rozwiązań.

Przegląd sektora bankowego | Banking dziś i jutro | Czerwiec 2026

Zgodnie z komunikatem opublikowanym przez spółkę GPW Benchmark – administratora wskaźników referencyjnych – oraz Komisję Nadzoru Finansowego, sprawującą nadzór nad administratorem wskaźników, 31 grudnia 2036 r. będzie ostatnim dniem opracowywania stawek WIBID i WIBOR dla wszystkich kluczowych terminów fixingowych, tj. dla terminów 1 miesiąc (1M), 3 miesiące (3M) oraz 6 miesięcy (6M).

Jak prawidłowo ustalić staż pracy od 1 maja 2026 roku 

Z początkiem maja 2026 r. pracodawców z sektora prywatnego obowiązują nowe zasady obliczania stażu pracy. A ponieważ przedsiębiorcy mają wciąż sporo pytań dotyczących nowych zasad Ministerstwo Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej odpowiedziało na te, które pojawiają się najczęściej. Sprawdzamy, co (wciąż) niepokoi pracodawców i jak możemy im w tym pomóc.

Ugoda podatkowa – nowy instrument w Ordynacji podatkowej

Do prac legislacyjnych Rady Ministrów skierowano projekt ustawy o zmianie Ordynacji podatkowej (nr UDER110), który wprowadza instytucję ugody podatkowej, czyli nowej formy polubownego rozwiązywania sporów między podatnikiem a organem. Do 19 czerwca projekt będzie na etapie uzgodnień i konsultacji publicznych. Planowane wejście w życie ma nastąpić 1 stycznia 2028 r. Sprawdzamy, kto i kiedy może się ubiegać o ugodę, na jakich warunkach i jak to może wyglądać w praktyce.

Przebudowa systemu SENT: od odzieży po beton i wewnętrzną logistykę. Jak się przygotować?

Jeszcze kilka lat temu system SENT kojarzył się niemal wyłącznie z cysternami i rynkiem paliwowym. To już przeszłość. Dziś to narzędzie kontroli, które coraz śmielej zagląda do transportów z owocami, a od połowy marca nawet do kontenerów z odzieżą i obuwiem. Ministerstwo Finansów podsumowuje już efekty ostatnich rozszerzeń, ale dla przedsiębiorców to dopiero rozgrzewka. Na horyzoncie widać bowiem jedną z największych reform ustawy o SENT. Skala planowanych zmian sugeruje, że w kwestii monitorowania łańcuchów dostaw fiskus nie powiedział jeszcze ostatniego słowa.

Rewolucyjna reforma rynku kapitałowego w Polsce – ETF-y i Kwalifikowany Fundusz Inwestycyjny

Polski rynek kapitałowy stoi u progu jednej z najważniejszych reform ostatnich lat, która gruntownie przebuduje zasady funkcjonowania funduszy ETF oraz wprowadzi zupełnie nową kategorię wehikułu inwestycyjnego: Kwalifikowanego Funduszu Inwestycyjnego (KFI). To odpowiedź na postulaty rynku i szansa na nadrobienie dystansu do Luksemburga czy Irlandii, bo celem zmian jest zwiększenie konkurencyjności oraz ograniczenie inwestycji uciekających za granicę. Ma być bardziej elastycznie zarówno dla inwestorów, jak i zarządzających oraz zgodnie z obecnymi trendami i  europejskimi standardami. Sprawdzamy, co konkretnie się zmienia i co to oznacza dla wszystkich uczestników tego rynku.

Dyrektywa 2024/825 jako odpowiedź Unii Europejskiej na greenwashing

Greenwashing jest jednym z większych wyzwań dla systemu ochrony konsumentów w Unii Europejskiej. Wraz ze wzrostem świadomości ekologicznej klientów marki coraz częściej odwołują się bowiem do haseł ochrony środowiska, zrównoważonego rozwoju czy neutralności klimatycznej. Nie zawsze jednak przekazy te znajdują oparcie w rzeczywistych cechach ich produktów lub usług. UE podjęła próbę systemowego uporządkowania tej sfery precyzując obowiązki informacyjne przedsiębiorców oraz rozszerzając katalog praktyk uznawanych za nieuczciwe. Sprawdzamy, jakie zmiany niesie dla przedsiębiorców.

Przegląd sektora bankowego | Banking dziś i jutro | Maj 2026

„Koniec snu o darmowych mieszkaniach” – tak Związek Banków Polskich ocenia czwartkowe orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawach dotyczących tego, czy przedawnienia instytucji finansowych wobec frankowiczów się przedawniły.

Kaucja jak VAT? System kaucyjny i ryzyko, którego nikt nie chce głośno nazwać

System kaucyjny miał być prosty. Ekologiczny. Szczelny. Neutralny podatkowo. Kilka miesięcy wystarczyło, żeby zacząć mieć poważne wątpliwości. Pierwsze luki nie są już teorią, bo widać je gołym okiem. Mechanizmy nadużyć można opisać całkiem precyzyjnie, a skala potencjalnych strat może okazać się znacznie większa, niż ktokolwiek przewidywał. Poniżej sprawdzamy, gdzie system traci kontrolę i co z tym można zrobić.

Zapraszamy do kontaktu:

Jan Janukowicz

Jan Janukowicz

Aplikant Adwokacki / Associate / Prawo Podatkowe

+48 736 272 203

j.janukowicz@kochanski.pl