W ostatnim czasie szczegółowo omówiliśmy aktualny status planowanych oraz wdrażanych zmian podatkowych. Zarówno tych, które już obowiązują, regulacji zaplanowanych na najbliższe miesiące oraz rozwiązań, których wejście w życie zostało odroczone.
Tym razem koncentrujemy się na zmianach dotyczących postępowań i kontroli skarbowych, które już weszły w życie i budzą zainteresowanie wszystkich, zarówno samych podatników, jak i praktyków. Przedstawiamy ich kluczowe założenia, potencjalne konsekwencje oraz praktyczne aspekty stosowania.
Złożenie deklaracji na różnych etapach kontroli celno-skarbowej – istotna zmiana na korzyść podatników
Jedną z najważniejszych nowelizacji ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) jest rozszerzenie uprawnień podatnika w zakresie możliwości składania deklaracji na różnych etapach kontroli celno-skarbowej.
Nowe regulacje przełamują dotychczasową zasadę „braku deklaracji w kontroli” i wprowadzają mechanizm, który pozwala podatnikowi aktywnie reagować na ustalenia organu.
Deklaracja już w trakcie kontroli
Zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, w zakresie kontroli celno-skarbowej prawa podatkowego kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do złożenia deklaracji […] w zakresie objętym kontrolą w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli.
Oznacza to, że podatnik nie musi już biernie oczekiwać na zakończenie takiej kontroli i sformalizowanie jej ustaleń, lecz, już na jej wczesnym etapie, może aktywnie reagować, np. składając deklarację w zakresie objętym kontrolą. Pozwala to na samodzielne uporządkowanie rozliczeń podatkowych i potencjalne ograniczenie dalszych negatywnych konsekwencji finansowych.
Deklaracja po otrzymaniu wyniku kontroli
Co ważne, możliwość korekty nie kończy się wraz z zakończeniem czynności kontrolnych.
Art. 82 ust. 2 ustawy o KAS przewiduje, że wynik kontroli powinien zawierać pouczenie o prawie złożenia deklaracji, jeżeli kontrolowany zgadza się w całości albo w części z ustalonymi nieprawidłowościami.
Ponadto (na podstawie art. 82 ust. 3) kontrolowany ma 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli na złożenie deklaracji w zakresie, w jakim akceptuje ustalenia organu.
W praktyce oznacza to dodatkowe „okienko czasowe” na ograniczenie negatywnych konsekwencji finansowych kontroli, a tym samym złożenie deklaracji.
Niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego – zmiana z zastrzeżeniami
Kolejną istotną zmianą, obowiązującą od 4 listopada 2025 r., jest wprowadzenie do Ordynacji podatkowej zasady rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości, co do stanu faktycznego na korzyść strony.
Zgodnie z nowym art. 122 § 2 Ordynacji podatkowej, w postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu takie wątpliwości, co do stanu faktycznego powinny być rozstrzygane na korzyść podatnika. Ta zmiana oceniana jest na plus i była długo postulowana przez praktyków.
Jednocześnie jednak ustawodawca wprowadził istotne wyłączenia, które w praktyce mogą znacząco ograniczyć możliwość powoływania się na ten przepis. Zasada ta nie znajdzie zastosowania, jeżeli:
- W postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób
- Przepisy wymagają od strony wykazania określonych faktów
- Sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa
Szczególne zastrzeżenia budzi trzecie wyłączenie dotyczące ważnego interesu publicznego. Sformułowanie to ma bowiem bardzo szeroki charakter i pozostawia organom podatkowym znaczną swobodę interpretacyjną. Może to prowadzić do licznych wyłączeń stosowania tej zasady w praktyce, co de facto ograniczy jej rzeczywiste zastosowanie.
Warto podkreślić, że powyższa zmiana ma zastosowanie do postępowań wszczętych i niezakończonych przed wejściem zmian.
Zmiany w postępowaniach podatkowych to wzmocnienie podatników
Wszystkie te zmiany należy ocenić jako krok w kierunku wzmocnienia pozycji podatników, zwłaszcza w toku kontroli celno-skarbowych oraz postępowań podatkowych. W praktyce jednak skuteczność nowych regulacji będzie zależeć od sposobu ich stosowania przez organy podatkowe.
Z tego względu podatnicy powinni uwzględnić nowe przepisy w strategii obrony podczas kontroli, wykorzystując dostępne instrumenty w sposób maksymalnie efektywny. Tylko świadome korzystanie z nowych uprawnień pozwoli w pełni wykorzystać potencjał wprowadzonych zmian.
Masz pytania? Skontaktuj się z nami


