Zmiany w postępowaniach i kontrolach skarbowych. Czy ustawodawca poszedł na rękę podatnikom?

19 grudnia 2025 | Aktualności, Tax Focus, The Right Focus, Wiedza

W ostatnim czasie szczegółowo omówiliśmy aktualny status planowanych oraz wdrażanych zmian podatkowych. Zarówno tych, które już obowiązują, regulacji zaplanowanych na najbliższe miesiące oraz rozwiązań, których wejście w życie zostało odroczone.

Tym razem koncentrujemy się na zmianach dotyczących postępowań i kontroli skarbowych, które już weszły w życie i budzą zainteresowanie wszystkich, zarówno samych podatników, jak i praktyków. Przedstawiamy ich kluczowe założenia, potencjalne konsekwencje oraz praktyczne aspekty stosowania.

Złożenie deklaracji na różnych etapach kontroli celno-skarbowej – istotna zmiana na korzyść podatników

Jedną z najważniejszych nowelizacji ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) jest rozszerzenie uprawnień podatnika w zakresie możliwości składania deklaracji na różnych etapach kontroli celno-skarbowej.

Nowe regulacje przełamują dotychczasową zasadę „braku deklaracji w kontroli” i wprowadzają mechanizm, który pozwala podatnikowi aktywnie reagować na ustalenia organu.

Deklaracja już w trakcie kontroli

Zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, w zakresie kontroli celno-skarbowej prawa podatkowego kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do złożenia deklaracji […] w zakresie objętym kontrolą w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli.

Oznacza to, że podatnik nie musi już biernie oczekiwać na zakończenie takiej kontroli i sformalizowanie jej ustaleń, lecz, już na jej wczesnym etapie, może aktywnie reagować, np. składając deklarację w zakresie objętym kontrolą. Pozwala to na samodzielne uporządkowanie rozliczeń podatkowych i potencjalne ograniczenie dalszych negatywnych konsekwencji finansowych.

Deklaracja po otrzymaniu wyniku kontroli

Co ważne, możliwość korekty nie kończy się wraz z zakończeniem czynności kontrolnych.

Art. 82 ust. 2 ustawy o KAS przewiduje, że wynik kontroli powinien zawierać pouczenie o prawie złożenia deklaracji, jeżeli kontrolowany zgadza się w całości albo w części z ustalonymi nieprawidłowościami.

Ponadto (na podstawie art. 82 ust. 3) kontrolowany ma 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli na złożenie deklaracji w zakresie, w jakim akceptuje ustalenia organu.

W praktyce oznacza to dodatkowe „okienko czasowe” na ograniczenie negatywnych konsekwencji finansowych kontroli, a tym samym złożenie deklaracji.

Niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego – zmiana z zastrzeżeniami

Kolejną istotną zmianą, obowiązującą od 4 listopada 2025 r., jest wprowadzenie do Ordynacji podatkowej zasady rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości, co do stanu faktycznego na korzyść strony.

Zgodnie z nowym art. 122 § 2 Ordynacji podatkowej, w postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu takie wątpliwości, co do stanu faktycznego powinny być rozstrzygane na korzyść podatnika. Ta zmiana oceniana jest na plus i była długo postulowana przez praktyków.

Jednocześnie jednak ustawodawca wprowadził istotne wyłączenia, które w praktyce mogą znacząco ograniczyć możliwość powoływania się na ten przepis. Zasada ta nie znajdzie zastosowania, jeżeli:

  • W postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób
  • Przepisy wymagają od strony wykazania określonych faktów
  • Sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa

Szczególne zastrzeżenia budzi trzecie wyłączenie dotyczące ważnego interesu publicznego. Sformułowanie to ma bowiem bardzo szeroki charakter i pozostawia organom podatkowym znaczną swobodę interpretacyjną. Może to prowadzić do licznych wyłączeń stosowania tej zasady w praktyce, co de facto ograniczy jej rzeczywiste zastosowanie.

Warto podkreślić, że powyższa zmiana ma zastosowanie do postępowań wszczętych i niezakończonych przed wejściem zmian.

Zmiany w postępowaniach podatkowych to wzmocnienie podatników

Wszystkie te zmiany należy ocenić jako krok w kierunku wzmocnienia pozycji podatników, zwłaszcza w toku kontroli celno-skarbowych oraz postępowań podatkowych. W praktyce jednak skuteczność nowych regulacji będzie zależeć od sposobu ich stosowania przez organy podatkowe.

Z tego względu podatnicy powinni uwzględnić nowe przepisy w strategii obrony podczas kontroli, wykorzystując dostępne instrumenty w sposób maksymalnie efektywny. Tylko świadome korzystanie z nowych uprawnień pozwoli w pełni wykorzystać potencjał wprowadzonych zmian.

Masz pytania? Skontaktuj się z nami

Najnowsza Wiedza

Przegląd sektora bankowego | Banking dziś i jutro | Wrzesień 2026

Na depozytach bieżących Polacy trzymali w lipcu 1 117,5 mld zł, a na terminowych do dwóch lat włącznie – ponad 406 mld zł. Zadłużenie gospodarstw domowych wzrosło o 7,6 mld zł do 869,1 mld zł. A wartość gotówki w obiegu jest już bliska 500 miliardom zł.

Zapowiedź reformy podatków dochodowych

19 sierpnia podczas konferencji prasowej premier ogłosił pakiet zmian podatkowych planowanych na przyszły rok. Według zapowiedzi reforma ma z jednej strony odciążyć klasę średnią, z drugiej, przerzucić większy ciężar fiskalny na najzamożniejszych i największe przedsiębiorstwa. Sprawdzamy, jakie propozycje znalazły się w zapowiedzianym pakiecie i podpowiadamy, co mogą one oznaczać dla podatników.

Fundacja rodzinna i fiskus: co zapowiada projekt UD447 i dlaczego to nie koniec kłopotów

Fundacje rodzinne miały zapewnić przedsiębiorcom stabilne ramy do pokoleniowego zarządzania majątkiem. Tymczasem nie minęły jeszcze cztery lata, od kiedy pojawiły się pierwsze z nich, a zasady ich opodatkowania ponownie mają zostać zmienione. Bo skala zainteresowania oraz praktyczne problemy przerosły twórców przepisów, co najlepiej widać w liczbach –  927 wniosków o interpretacje indywidualne oraz 77 opinii Szefa KAS. Nie oznacza to jednak, że fundacje rodzinne są masowo wykorzystywane do agresywnej optymalizacji. Znaczna część pytań dotyczyła bowiem tego, jak prawidłowo stosować skomplikowane przepisy.

Banking dziś i jutro | Przegląd sektora finansowego | Sierpień 2026

Polski sektor bankowy z niepokojem przyjął niedawną wypowiedź Minister Funduszy i Polityki Regionalnej Katarzyny Pełczyńskiej-Nałęcz, która zapowiedziała przedstawienie propozycji dalszego podwyższenia CIT dla banków. Argumentacja przedstawiona przez minister opiera się jednak na błędnym utożsamieniu płynności sektora z jego rentownością i świadczy o niezrozumieniu podstawowych mechanizmów funkcjonowania sektora bankowego oraz zasad oceny jego kondycji finansowej.

NIS2 i UKSC w transporcie: co musisz zrobić przed październikiem 2026?

Od 3 kwietnia 2026 r. obowiązuje znowelizowana ustawa o krajowym systemie cyberbezpieczeństwa (UKSC). Oznacza to, że firmy z sektora transportu mają do zrealizowania konkretny harmonogram, w tym podlegają obowiązkowi rejestracji w wykazie KSC do 3 października 2026 r. Jeśli tego nie zrobią, mogą czekać je wysokie sankcje połączone w dodatku z ryzykiem osobistej odpowiedzialności kadry zarządzającej. Nie wszyscy jednak automatycznie podlegają nowym przepisom. Sprawdź, czy dotyczy to Twojej firmy i co warto zrobić, zanim skończy się czas na przygotowanie.

Fundacje rodzinne: rząd policzył i wystawił rachunek

Trzy lata. Tyle czekaliśmy na to, co Rada Ministrów widziała w danych od początku – i co właśnie ujawniła w przeglądzie ustawy o fundacji rodzinnej. Dokument jest nie tylko diagnozą problemów, ale przede wszystkim zapowiedzią poważnych zmian w regułach, które fundatorzy i ich doradcy traktowali jako pewne i stabilne. I tu tkwi problem, który wykracza daleko poza kwestie podatkowe. Jeśli zasady gry są zmieniane w jej trakcie, nie ma mowy ani o pewności planowania, ani o zaufaniu do prawa. Nieprzypadkowo jedną z największych obaw przedsiębiorców rozważających założenie fundacji nie jest poziom opodatkowania, lecz stabilność systemu prawnego. Którą ponownie podaje się w dziś w wątpliwość.

Co nowa ustawa frankowa oznacza dla banków

Mamy nową ustawę o szczególnych rozwiązaniach w zakresie rozpoznawania spraw dotyczących umów kredytu denominowanego lub indeksowanego do franka szwajcarskiego. Przepisy wchodzą w życie po upływie 14 dni od ogłoszenia. Czas na analizę tego, co nas czeka i co banki powinny zrobić już dziś.

Nie przegap terminu na dopełnienie obowiązków w zakresie cen transferowych

Ceny transferowe od lat pozostają jednym z głównych obszarów zainteresowania organów podatkowych. W praktyce oznacza to, że transakcje zawierane pomiędzy podmiotami powiązanymi są przedmiotem wzmożonej weryfikacji, a obowiązki dokumentacyjne w tym zakresie należą do jednych z najczęściej kontrolowanych.

Nowy projekt ustawy o jawności wynagrodzeń – co zmieniło się od grudnia 2025 r.?

Mamy już drugą wersję projektu ustawy o wzmocnieniu stosowania prawa do jednakowego wynagrodzenia mężczyzn i kobiet za jednakową pracę lub za pracę o jednakowej wartości, która doprecyzowuje procedury i terminy, a także powołuje nowy organ nadzoru. Opisywaliśmy już zmiany dotyczące etapu rekrutacji oraz trzy filary nadchodzącego systemu pay transparency, wskazując również, że Polska nie dotrzyma unijnego terminu implementacji (7 czerwca 2026 r.). Sprawdzamy więc kolejne zmiany, nowości i ryzyka, które pojawiły się w nowej, kwietniowej wersji projektu.

Payment Services Regulation (PSR) – między ochroną użytkownika a należytą starannością

Projekt rozporządzenia Payment Services Regulation (PSR) to jeden z najważniejszych elementów reformy unijnych ram prawnych w zakresie usług płatniczych. Jego głównym celem jest zwiększenie poziomu bezpieczeństwa obrotu bezgotówkowego oraz ograniczenie skali nadużyć finansowych, w szczególności tych wynikających z rozwoju kanałów cyfrowych. Jednocześnie nowe przepisy mają wprowadzić model odpowiedzialności, który nie spowoduje całkowitego przeniesienia ryzyka na instytucje finansowe, lecz zachowa istotną rolę należytej staranności po stronie użytkownika.

Zapraszamy do kontaktu:

Jan Janukowicz

Jan Janukowicz

Aplikant Adwokacki / Senior Associate / Prawo Podatkowe

+48 736 272 203

j.janukowicz@kochanski.pl